ProstaPaper převádí papírové patologické nálezy a ručně kreslené schémata prostaty do strukturovaných dat připravených pro registr REDCap.
V Masarykově onkologickém ústavu se dnes výsledky radikální prostatektomie zaznamenávají na papíře: český histopatologický nález v textové podobě a ručně nakreslený nákres prostaty, do kterého patolog vyznačuje jednotlivá ložiska, doplňuje rozměry, Gleasonovy stupně a šíření mimo prostatu. Aby se tyto údaje dostaly do registru COMPARE (REDCap), musí je někdo ručně přepsat do stovek polí. Je to zdlouhavé a náchylné k chybám, takže se do registru v praxi dostane jen část případů – a systematické porovnávání nálezů magnetické rezonance s histologií, které je pro zpřesnění MR diagnostiky klíčové, se provádí jen výjimečně.
ProstaPaper tento proces zkracuje. Uživatel nahraje snímek nálezu a schéma jako jeden případ. Systém oba dokumenty přečte, spojí informace z textu i z kresby a extrahuje klinické parametry: lokalizaci ložisek podle sektorů (vlevo/vpravo, vrchol/střed/základna), rozměry, histologický typ, Gleason a ISUP, extraprostatické šíření, invazi do semenných váčků, stav resekčních okrajů i pT. Hodnoty rovnou namapuje na skutečné kódy cílového formuláře registru (surgery_c61_resected_lesion), včetně opakovaných záznamů pro jednotlivá ložiska, takže výstupem není volný text, ale řádky, které registr přijme.
Do registru se však nic neodesílá automaticky. U každého pole je vidět míra jistoty a dokument, ze kterého hodnota pochází, takže lékař na jedné obrazovce porovná návrh s originálem a opraví ho. Pokud si text a schéma odporují, systém rozpor označí, místo aby si sám vybral. Do REDCapu se dostane pouze záznam, který člověk schválil; schválený obsah je poté neměnný a revize se ukládají. Člověk tedy rozhoduje stejně jako dnes, jen místo přepisování provádí kontrolu.
Vytvořili jsme to jako běžnou webovou aplikaci pro oddělení: přihlášení, nahrávání dokumentů, frontu případů k revizi a export. Nálezy jsou citlivá data, proto zůstávají v privátní síti a v šifrovaném úložišti; k registru máme pouze přístup pro čtení a žádná data v registru jsme nezměnili. Pracovali jsme se 40 reálnými párovými případy z MOÚ a se strukturou ostrého projektu v REDCapu (363 polí v 9 nástrojích), nikoli s vymyšlenými vzory, takže řešení počítá s tím, jak se nálezy skutečně zapisují: zkratkami, nejednotným formátem a různým rukopisem jednotlivých patologů.
Stejný postup – papír, ruční schéma, registr – se na onkologii opakuje i u dalších diagnóz, takže kostru lze použít znovu, pouze s jiným cílovým formulářem.
- Měli už předtím
- Základní příprava a nastudování problematiky: vybrané zadání, zdroje k patologii prostaty (ICCR dataset radikální prostatektomie, sektorová mapa PI-RADS v2.1), kontext registru COMPARE na MOÚ. Žádná extrakce, mapování na REDCap ani revizní rozhraní předtím neexistovaly, celé to vzniklo v průběhu hackathonu nad reálnými daty, která jsme dostali až na místě.
- Využití AI
- AI je u nás pracovní síla na přepis, ne autorita na rozhodování.
1) Čtení dokumentů: ze skenu českého nálezu získáváme text, z ručně kresleného schématu prostaty čte vizuální model, co je do kterého sektoru zakresleno a dopsáno.
2) Extrakce parametrů: z obou zdrojů model vytáhne klinické hodnoty (ložiska a jejich lokalizaci, rozměry, histologický typ, Gleason/ISUP, extraprostatické šíření, semenné váčky, okraje, pT).
3) Mapování na registr: hodnoty se převedou na konkrétní kódy cílového REDCap formuláře, včetně opakovaných záznamů pro jednotlivá ložiska. Kódy nevymýšlíme, bereme je z codebooku projektu.
4) Kontrola: každé pole má míru jistoty a odkaz do dokumentu, rozpory mezi textem a schématem se označí, nejistá pole jdou ve frontě k revizi první. Nic se neexportuje bez schválení člověkem.
Model je v konfiguraci, ne v kódu, takže se dá vyměnit a porovnat podle úspěšnosti na jednotlivých polích. - Dopad
- Hlavní přínos je víc dat pro výzkum. Dnes je zápis do registru tak pracný, že se strukturovaně uloží jen část případů; když přepisování odpadne, může do registru COMPARE jít celý provoz centra a vznikne dataset, na kterém se dá skutečně porovnávat magnetická rezonance s histologií.
Z toho se učí radiologové: ke každému MR nálezu lze dohledat, co ukázala histologie — kde ložisko skutečně bylo, jak bylo velké a jaký mělo grade. To je přímá zpětná vazba na čtení MR snímků, využitelná při výuce i auditu vlastní přesnosti, a podklad pro kalibraci skórování PI-RADS.
Dál: méně administrativy pro patologa a studijní sestru, strukturovaná data vhodná pro trénink dalších modelů a postup přenositelný na jiné diagnózy a další pracoviště, kde dnes podobné nálezy končí na papíře. - Komu pomůže
- Lékaři a sestry, Nemocnice a poskytovatelé péče, Výzkum
- Technologie InterSystems
- Ano — Exportujeme štrukturované anonymizované dáta ktoré dostaneme z našej analýzy aj do FHIR formátu do našej secure containerized inštancii FHIR
Strojový překlad z angličtiny
- Tým
- HR — Rossi Soták, Adam Bíša, Filip Šípoš
- Výzva
- ProstaPaper · Brno