Patolog odmítá používat počítač? Žádný problém! Papírové dokumenty už nikdy nemusíš zadávat ručně. A přesto máš kontrolu nad správností dat.

ProstaPaper: od papírového nálezu k registru

Co projekt dělá

ProstaPaper vznikl během 24hodinového Rakathonu 2026 v MOÚ Brno. Pomáhá převést české patologické zprávy po odstranění prostaty a ručně anotované anatomické nákresy do strukturovaných záznamů registru COMPARE v REDCapu. Cílem je omezit ruční přepisování a připravit data pro výzkum — ne stanovovat diagnózu nebo doporučovat léčbu.

Text a kresbu zpracovává odděleně, následně navrhuje jejich propojení. Uchovává zdrojové důkazy, chybějící údaje i rozpory. Výsledek má před exportem zkontrolovat lékař.

Jaká data jsme použili

Pracovali jsme s 80 anonymizovanými hackathonovými skeny: 40 zprávami a 40 odpovídajícími kresbami na šabloně PI-RADS v2.1. Zprávy obsahují například rozměry ložisek, Gleasonovo skóre, Grade Group, stav okrajů a klasifikaci pT/L/V/R. Kresby zachycují polohu nálezů v jednotlivých řezech, ruční poznámky a rozměry.

Dále jsme využili mapu 41 sektorů, číselníky a importní podklady REDCapu. Automatické testy používají také syntetické zprávy a modelové odpovědi. Vlastní model jsme netrénovali; extrakce využívá Gemini a lokální obrazové zpracování.

Co jsme stihli

• Přípravu skenů: lokální OCR přečte hackathonové ID, spojí zprávu s kresbou, přidělí stabilní náhodný identifikátor a zakryje původní ID v kopiích. Dokumentovaný běh spároval 40 ze 40 případů bez zjištěné záměny. Nejde ale o univerzální anonymizaci.
• Extrakci zpráv: Gemini nejprve přepíše text a následně vytvoří strukturované nálezy. Hodnoty se kontrolují proti citacím; nejasnosti zůstávají k revizi.
• Zpracování kreseb: je implementované zarovnání na šablonu, oddělení ručních tahů, opakované čtení Gemini, porovnání s OpenCV a návrhy sektorů i skupin značek.
• Spojení výsledků: centrální modul páruje nálezy s kresbou, zachovává konflikty a umí zapracovat zaznamenaná rozhodnutí lékaře.

Na třech případech je zdokumentovaný průchod extrakce zprávy do společného návrhu. Je to integrační sonda, nikoli měření medicínské přesnosti. Celý tok až po lékařské schválení a ověřený import nebyl dokončen. Původní revizní rozhraní bylo odstraněno kvůli přestavbě.

Co mělo následovat

Dokončit rozhraní se skeny, klikací mapou a frontou nejasností; napojit skutečné výsledky analýzy a ověřit CSV import do testovacího REDCapu. Pro kresby připravit 5–8 hodnoticích listů a získat lidské hodnocení. Následně změřit správnost proti lékařem potvrzeným výsledkům.

Před produkcí zbývá vyřešit bezpečné propojení s pacientem, ochranu identifikátorů a nemocnicí schválené nasazení včetně podmínek externího zpracování.

Shrnutí podle kódu a dokumentace větve main k 17. 10. 2026; testy jsem zde nespouštěl.